최초 공정성이 떨어지는 후보지 선정 및 타당성 조사 보고서를 근거로 중앙투자심사를 거쳐 279억원의 사업비가 확정되었으며 이후 추가로 134억원이 늘어난 총 사업비 413억원 예산이 편성되었다.

광주학생해양수련원 원장과 대화 녹취록에 수련원 법사면 공사로 100억이 들었으며, 주위 강제수용 필지의 소유주와 소송으로 인하여 100억의 예산이 추가적으로 들어갔다는 발언을 하였다.

최종 고흥군 수련원 위치상 계획초기 단계에 엄청난 법사면 공사가 이루어진다는 것은 예측이 가능했고 이것은 과연 고흥군의 후보지가 최적지였는지에 대한 의혹이 생기는 것이다.

그리고 소송으로 인한 100억원이란 추가예산도 소유주와 소송이 아닌 원만한 협의를 이끌어 내는 측면보다 소송으로 인한 추가예산에 당위성이 있었는지에 대한 의혹이 쌓이고 있다.

결론적으로 수련원 건립은 국가의 세금으로 이루어진 공익사업이다. 예산집행에 있어 투명하게 이루어졌는지에 대한 자금조달계획을 확실히 밝히지 않는다면 시교육청은 예산낭비에 대한 비판은 피할 수 없을 것이다.